W październiku 1918 r. Jerzy Matulewicz otrzymał list z wiadomością, że wyznaczono go na stanowisko biskupa wileńskiego, mimo że wcześniej prosił o wycofanie jego kandydatury, wysyłał listy do wizytatora apostolskiego w Polsce i krajach bałtyckich – Achille Rattiego (późniejszego papieża Piusa XI). W tym liście Matulewiczowi dawano mu do zrozumienia, że papież nie przyjmie jego odmowy. Tej nocy nie mógł zasnąć. Pisał, że odczuł cały spadający na niego ciężar. Tymczasem wizytator, który dobrze wiedział o oporach Matulewicza, mówił: „Wszystko to tylko potwierdza, że nasz wybór jest właściwy”.

Wkrótce po nominacji przybyli do niego przedstawiciele Rady Litewskiej, aby omówić ingres oraz prosić, żeby biskup przemówił w języku litewskim. Matulewicz przypominał: „Odpowiedziałem im, że zostałem mianowany biskupem nie dla państwa, lecz dla ludzi i Kościoła”. Po nich przyszli również księża kapituły wileńskiej, w większości mówiący po polsku. Prosili Matulewicza, aby podczas ingresu przede wszystkim mówił w języku polskim i nie zwracał się w języku białoruskim, ponieważ ich zdaniem Białorusinów w Wilnie nie ma, chociaż gazeta Dziennik Wileńskipodawała w 1918 r., że około 17% mieszkańców Wilna stanowi ludność białoruska.

Konsekracja na biskupa odbyła się 1 grudnia 1918 r. w kowieńskiej katedrze. Z Kowna Matulewicz wyjechał 8 grudnia rano. Nie zarezerwował osobnego przedziału, lecz podróżował razem z innymi pasażerami w zwykłym wagonie pasażerskim i cieszył się, że udało mu się zdobyć bilet. Nikt z podróżnych go nie rozpoznał i zainteresowanie wywołało dopiero jego spotkanie z proboszczem z Landwarowa, który z grupką parafian udawał się do Wilna na powitanie biskupa. Na dworcu wileńskim czekali na Matulewicza przedstawiciele kapituły, miasta i Rady Litewskiej.

Z dworca Jerzy Matulewicz poszedł do Ostrej Bramy, żeby pomodlić się przed cudownym obrazem Matki Boskiej. W zakrystii wręczono mu list premiera A. Voldemarasa, w którym domagano się, aby podczas ingresu przemówił również po białorusku, a słowo powitalne pozwolił wygłosić przedstawicielowi Rady Litewskiej. Duchowieństwo ze swojej strony bardzo się sprzeciwiało, aby biskup osobno zwracał się do Białorusinów.

Niełatwe było pogodzenie interesów różnych narodowości w miejscu, w którym wszystkie kultywowały głęboką pobożność do Najświętszej Maryi Panny. Niestety, w Wilnie napięcie w relacjach między grupami narodowościowymi było bardzo wyraźne. Garstka Litwinów, która od całkiem niedawna zaczęła tworzyć nieznaczny odsetek mieszkańców Wilna, nie była znaczącą warstwą społeczną. Litwinów przybywało do stolicy coraz więcej, jednak największą część mieszkańców Wilna stanowiła społeczność polska. Żydzi w kwestiach politycznych popierali stronę litewską, zgadzali się z wizją niepodległej Litwy, którą reprezentowała Rada Litewska. Mieszkający w Wilnie Polacy mieli wielkie wpływy społeczne, kulturowe i polityczne. Jedni chcieli kontynuować tradycje unijne, inni mieli cele nacjonalistyczne – dążyli do przyłączenia Litwy do Polski. Chcąc wykazać swoją przewagę, ludność polska starała się hamować białoruskie odrodzenie narodowe, ignorować jego znaczenie.

Biskup Jerzy Matulewicz zaprzyjaźnił się w Wilnie z niemieckim księdzem jezuitą Fryderykiem Muckermannem. Odprawiał on msze w należącym wcześniej do jezuitów kościele św. Kazimierza, który w pierwszej połowie XIX w. został przekazany prawosławnym. Jezuita uzyskał obietnicę biskupa Jerzego, że po jakimś czasie kościół zostanie zwrócony jezuitom. Ludzie gromadzili się na Msze św. nie tylko ze względu na dobrego kaznodzieję, lecz również ze względu na sam kościół, który przez dłuższy czas był niedostępny dla wiernych.

Muckermann po naradzie z J. Matulewiczem zaczął w kościele organizować spotkania dla robotników. Ponieważ zbierało się ich bardzo dużo, założono Związek Chrześcijańskich Robotników. Nie podobało się to bolszewikom, którzy czekali na pretekst, aby stłumić tę organizację. Po wydaniu przez związek gazety, bolszewicy od razu ją skonfiskowali, a jezuicie kazali opuścić Wilno w ciągu 24 godzin. Robotnicy nie chcieli do tego dopuścić, zbierali się i dyżurowali pod drzwiami kościoła. Milicjanci próbowali rozpędzić ludzi, zaczęli strzelać w okna kościoła, jednakże to jeszcze bardziej rozgniewało tłum, który rozbroił milicję. Zaraz po tym kościół został otoczony przez wojsko czerwonogwardzistów. Taka sytuacja trwała przez kilka dni, ostatecznie bolszewicy stracili cierpliwość, wdarli się do środka, zaczęli strzelać w sufit, rozgonili ludzi i aresztowali jezuitę. Część robotników aresztowano i zamknięto w więzieniu na Łukiszkach. Kościół zamknięto i postawiono przy nim straż. Zdewastowano siedzibę organizacji robotników.

Wileńska bazylika archikatedralna

Wiosną 1918 r. podczas krótkiego pobytu w rodzinnym Mariampolu Jerzy Matulewicz zajął się sprawami zakonów. Przede wszystkim zaczął opracowywać reguły, na podstawie których marianie powinni organizować swoje życie zakonne, wykonywać różne prace, spełniać obowiązki, wychowywać nowych zakonników. Ponadto obiektem jego wielkiej troski stało się założenie nowego litewskiego zgromadzenia. Jeszcze przed wojną poznał dwie dziewczyny, które wysłał na naukę do Szwajcarii do sióstr Miłosierdzia Krzyża Świętego. Po przybyciu do Mariampola znalazł jeszcze sześć kandydatek do takiego zgromadzenia żeńskiego. Dlatego J. Matulewicz niezwłocznie zaczął przygotowywać reguły zakonne również dla nich. Nowemu zgromadzeniu Matulewicz nadał nazwę Sióstr Ubogich, tj. sióstr mających służyć ludziom ubogim, natomiast tytuł pozostawił ten sam, jaki noszą marianie – Niepokalanego Poczęcia NMP. Początkowo zgromadzenie liczyło tylko 8 zakonnic.

Obecnie siostry mieszkają przy kościele Św. Krzyża w Wilnie. Pracują w Centrum Socjalnym w Domu św. Krzyża oraz w Domu Studentek.

Sanktuarium Miłosierdzia Bożego

W 1924 r. biskup Jerzy Matulewicz poprosił, aby do Wilna wrócił kapelan wojskowy ks. Michał Sopoćko, który mimo że urodził się, wychował i uczył się na Wileńszczyźnie, w tym czasie pełnił posługę w Polsce. Biskup chciał, aby ks. Michał Sopoćko opiekował się wielkim okręgiem wojskowym oraz założył koła młodzieżowe. Staraniem ks. M. Sopoćki kościół św. Ignacego w Wilnie został przystosowany do duszpasterstwa wojskowego i w 1928 r. wyświęcony.

Przyjazd ks. M. Sopoćki do Wilna sprawił, że doszło tu do jego spotkania z zakonnicą Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia – Faustyną Kowalską, która w Wilnie doznała wielu objawień Jezusa. Ks. M. Sopoćko został spowiednikiem i kierownikiem duchowym s. Faustyny. Aby uniknąć długich spowiedzi i wgłębić się w treść objawień, zachęcał ją do zapisywania doznanych przeżyć w trakcie objawień Jezusa w dzienniczku. Współcześnie dzienniczek św. Faustyny to jedna z najbardziej znanych książek opisujących doznania mistyczne.

W Sanktuarium Miłosierdzia Bożego jest czczony pierwszy namalowany w Wilnie obraz Jezusa Miłosiernego. Namalował go w 1935 r. na podstawie wileńskich objawień św. Faustyny malarz Eugeniusz Kazimirowski. W objawieniach Jezus mówił do siostry Faustyny: „Obiecuję, że dusza, która czcić będzie ten obraz, nie zginie. Obiecuję także, już tu na ziemi, zwycięstwo nad nieprzyjaciółmi, a szczególnie w godzinę śmierci. Ja sam bronić jej będę jako Swej chwały.”

W miejscu obecnego Sanktuarium Miłosierdzia w XV–XVI w. znajdował się pierwszy kościół św. Trójcy Przenajświętszej. W XVIII w. ten kościół, należący do Uniwersytetu Wileńskiego, przebudowano. W 1821 r. świątynia została zamieniona przez władze carskie w cerkiew Objawienia Pańskiego, a w 1920 r. – znowu zwrócona katolikom. W latach 1946–1947 w kościele pracował bł. M. Sopoćko – spowiednik św. Faustyny. Po drugiej wojnie światowej władza sowiecka zamknęła kościół. 8 marca 2004 r. na mocy dekretu kardynała Audrysa Juozasa Bačkisa założono Sanktuarium Miłosierdzia Bożego, a w jego ołtarzu głównym umieszczono obraz Jezusa Miłosiernego.

Znaczącą część mieszkańców Wilna stanowili Żydzi, których po pierwszej wojnie światowej mieszkało w mieście około 55 000 (33,3% ogółu mieszkańców). Wielokrotna zmiana władzy miała wpływ również na ich życie. Biskup Jerzy Matulewicz często przyjmował rabinów żydowskich, którzy zwracali się z prośbą o wstawiennictwo lub pomoc, zawsze starał się ich wesprzeć w miarę swoich możliwości. Przypominał: „Znów prosili, abym wstawił się za Żydami i uspokoił ludzi. Opowiadali, jak legioniści dokuczają Żydom. Zatrzymują i męczą wielu niewinnych ludzi. […] Rzeczywiście widziałem tłum Żydów, z którymi obchodzono się bardzo okrutnie. Aresztowanych ciągano po ulicach, przetrzymywano w przepełnionych więzieniach; czasami nawet strzelano do niewinnych. Niektórym Żydom podpalano brody, wśród nich – nawet 70-letniemu rabinowi z Landwarowa. Gdy zasłaniał się ręką, bito go po niej, aż spuchła. Skarżono się również na przeszukiwania, podczas których zabierano różne rzeczy: pieniądze, kosztowności. Żołnierze sami organizują prowokacje, rzucają granaty lub strzelają. Aresztują niewinnych, a potem żądają wykupu. Po wysłuchaniu wszystkiego obiecałem, że będę przy każdej sposobności wstawiał się za nimi i ich bronił. I rzeczywiście tak robiłem.”

Na tych uliczkach wrzało życie Żydów wileńskich – tu mieszkali, pracowali, prowadzili sklepiki i inne interesy. W czasie drugiej wojny światowej znajdowało się tu Małe Getto Żydowskie, mieszczące się w rejonie ulic Szklanej, Gaona, Antokolskiego i Żydowskiej. Spędzono do niego około 11-12 tys. ludzi, przeważnie inteligencji, robotników i osób nienadających się do pracy, dzieci. Małe getto przetrwało do 1941 r.

Juozas Tumas-Vaižgantas i Jerzy Matulewicz byli dobrymi przyjaciółmi. Zachowało się wspomnienie o tym, jak pewnego poranka biskup dostał liścik z wiadomością, że ksiądz Tumas jest ciężko chory na zapalenie mózgu i prosi o ostatni sakrament. Po porannej Mszy św. biskup pośpieszył do chorego. Gdy po wysłuchaniu spowiedzi miał dać komunię, ksiądz wstał z łóżka i ukląkł na podłodze, ponieważ tylko w taki sposób zwykł przyjmować Eucharystię. Nie miał sił, aby wstać i położyć się z powrotem do łóżka, dlatego biskup musiał mu pomóc. W dzienniku Matulewicz zanotował: „Było mi go bardzo żal. To zdolny pisarz, jego utwory są niezwykle obrazowe. Jest też uczciwym, dobrym księdzem, człowiekiem o czystej duszy, idealistą, bardzo kochającym swoją ojczyznę, oddanym jej całym sercem.”

Ks. J. Tumas-Vaižgantas aktywnie działał w Stowarzyszeniu Litwinów udzielającym pomocy ludziom, którzy ucierpieli od wojny. Jego członkowie zbierali się w różnych miejscach, często na plebanii kościoła św. Mikołaja. W czasach władzy polskiej biskup Jerzy Matulewicz spotykał się tu z litewskimi uczniami, odprawiał Msze św. w języku litewskim w kościele św. Mikołaja.

Biskup Jerzy otaczał niezwykłą troską seminarium duchowne i dbał o wychowanie kleryków. Przychodzono do niego często ze skargami, że wykładowcy seminarium wciągają kleryków do działalności patriotycznej, obwiniano kierownictwo seminarium, które w litewskim i białoruskim odrodzeniu narodowym upatrywało zagrożenie dla katolicyzmu, w pobudzaniu niezgody narodowej. „Klerycy to odczuwają, ukrywają swoją narodowość, co ma ujemny wpływ na kształtowanie się ich charakteru, potem z takich osób wychodzą najwięksi narodowcy. Należałoby jednakowo traktować, szanować i wspierać wszystkie narodowości. Jeżeli zaś chodzi o język – wszyscy powinni nauczyć się mówić po litewsku i po białorusku” – mówił pewien polski ksiądz. Po jego wysłuchaniu biskup powiedział: „Nie wymagałbym tego. Moim zdaniem, znacznie ważniejsze jest to, aby opuszczając seminarium, ksiądz wyniósł apostolski duch katolicki, aby był przygotowany do służby wszystkim wiernym i do opieki nad nimi. A wówczas, jeżeli to będzie potrzebne, nauczy się i języka. Nic z tego, że księża znają kilka języków, jeżeli używają ich do swoich celów politycznych, w interesach swojej partii politycznej, a nie ludzi i ich zbawienia.” Słysząc coraz więcej skarg dotyczących działalności seminarium, J. Matulewicz zaczął je systematycznie odwiedzać, sprawdzać, jak odbywają się zajęcia, jak wykorzystuje się podręczniki, jak się wykłada i w jakim języku zadaje pytania, czy wykładowcy się nie spóźniają i nie kończą zajęć wcześniej. J. Matulewicz interesował się, czy profesorowie przychodzą przygotowani do zajęć, czy potrafią zainteresować kleryków. Wizyty biskupa w seminarium pozytywnie wpłynęły na jego działalność, profesorowie zaczęli w czas przychodzić na wykłady, nie opuszczać zajęć, lepiej się do nich przygotowywać.

Biskup miał również osobne spotkania z klerykami, którzy skarżyli się, że zabrania się im rozmawiać ze sobą po białorusku i po litewsku, a przy wstępowaniu zmusza się do wpisywania polskiej narodowości, spolszcza się ich nazwiska. Biskup zapewniał kleryków: „Żaden z was nie zostanie skrzywdzony z powodu narodowości czy języka.”Niektórzy po powrocie ze spotkania z biskupem cieszyli się, że pasterz nie przypisuje takiej wagi pochodzeniu narodowościowemu i językowi. Tymczasem polska endecja oburzała się, że biskup Jerzy zakłóca jedność polskich księży.

Po pierwszej wojnie światowej władza polska zwróciła diecezji Trynapol, byłą rezydencję wileńskich biskupów z pałacem, kościołem, parkiem i gospodarstwem, odziedziczoną po zakonie trynitarzy. W 1832 r. Rosjanie przywłaszczyli ją sobie i przekazali prawosławnemu metropolicie. W odzyskanych pomieszczeniach klasztornych w Trynapolu biskup postanowił założyć przytułek dla litewskich dzieci. Biskup w ciepłe dni sam udawał się tam, aby zobaczyć, jak przytułek działa, nacieszyć się światem dzieci i odetchnąć. Zarządzanie dużym gospodarstwem było zbyt trudne, dlatego zostało ono wydzierżawione Wileńskiemu Komitetowi Litwinów. Na podstawie umowy dzierżawcy dostarczali do przytułku warzywa i inne artykuły żywnościowe.