Kościół zalicza się do Szlaku Bożego Miłosierdzia oraz Katedra.Dzwonnica.Skarbiec.

Bł. M. Sopoćko był rektorem Kościoła św. Michała i kapelanem Sióstr Bernardynek w latach 1934-1938. Mieszkał w pobliskim budynku naprzeciwko Kościoła Sióstr Bernardynek. Namalowany, ale nie uznany przez władze Kościoła Obraz Jezusa Miłosiernego, ks. M. Sopoćko umieścił najpierw w korytarzu Klasztoru Sióstr Bernardynek przy Kościele św. Michała, tymczasem Jezus podczas objawień prosił św. Faustynę, aby wystawić obraz do czci publicznej. W 1937 r., za zgodą arcybiskupa wileńskiego Romualda Jałbrzykowskiego, obraz został umiejscowiony z prawej strony ołtarza głównego. Zaczął się też umacniać kult Miłosierdzia Bożego. Podczas II wojny światowej w czasie okupacji sowieckiej Wilna, bł. M. Sopoćko organizował w swoim mieszkaniu tajne spotkania grup inteligencji katolickiej i bractwa religijnego Marianów. Działalność ta doprowadziła do wyłonienia się kandydatek do Zgromadzenia Sióstr Jezusa Miłosiernego.

Kościół św. Michała Archanioła oraz dawny Klasztor Bernardynek – wspaniały kompleks z okresu Renesansu. Budowę i dekorację wspomagał Leon Sapieha, jeden z najsławniejszych magnatów Wielkiego Księstwa Litewskiego XVI-XVII w. To pierwsza świątynia na Litwie, budowana w charakterze mauzoleum rodziny magnackiej. W klasztorze zamieszkały Siostry Bernardynki, które przyjęły surową klauzurę. Kościół stał się nie tylko domem modlitwy, ale również mauzoleum Sapiehów.

Pod Kościołem znajduje się pięć krypt. W jednych chowane były zakonnice, w pozostałych – świeccy. W krypcie Sapiehów pochowany został Leon Sapieha, jego syn Jan Stanisław, Krzysztof i inni członkowie rodziny. W Kościele zachowały się cztery nagrobki rodziny Sapiehów z XVII w., świadczące o potędze, majętności i subtelnym guście artystycznym zamawiających.

W okresie komunizmu, po zamknięciu klasztoru i Kościoła, budynki przez pewien czas były nieużywane, zaniedbane, natomiast w XVIII w. ołtarze i mównica Kościoła zostały wyburzone. Po pożarze w 1964 r. w remontowanym Kościele otwarto Muzeum Architektury, a pomieszczenia klasztorne przystosowano do potrzeb akademika, mieszkań, pracowni wytwórczych. Kościół i zaniedbane pomieszczenia klasztorne zostały zwrócone Archidiecezji Wileńskiej w 1993 r. W 2009 r. zakończono prace restauratorskie kompleksu a swoje drzwi dla odwiedzających otworzyło Muzeum Dziedzictwa Kościelnego.