Kościół św. Ignacego nosi zlitewszczoną nazwę założyciela Towarzystwa Jezusowego św. Ignacego Loyoli. Na obrazie malarza (1757 r.), widniejącym nad głównym ołtarzem Kościoła, przedstawiona jest wizja św. Ignacego, której doznał z dwójką przyjaciół podczas podróży do Rzymu.

Historia Kościoła sięga 1569 r., kiedy to pierwsi przedstawiciele Jezuitów pojawili się w Wilnie, założyli tu nowicjat zakonny i budynki gospodarcze. Podobnie jak i inne Kościoły jezuickie na Litwie tak i Kościół św. Ignacego był bazyliką z kopułą i dwiema wieżami po obu stronach prezbiterium, a jego wnętrze było bogato zdobione wartościowymi freskami. W 1737 r. Kościół mocno ucierpiał od pożaru. W połowie XVIII w. został zrekonstruowany pod kierunkiem architekta Tomasza Żebrowskiego.

W 1798 r. klasztor i Kościół zostały przekazane wojsku rosyjskiemu. Wówczas wyburzono ołtarze wykonane ze sztucznego marmuru, rozkuto profile, przestrzeń Kościoła porozdzielano na 3 piętra, w Kościele rozlokowano żołnierzy, urządzono stajnie. Po powstaniach z 1831 i 1863 r. w klasztorze i Kościele utworzono koszary wojska carskiego, stajnie, kasyno oficerskie – Kościół jako budynek sakralny został zniszczony.

Na prośbę biskupa Jurgisa Matulaitisa w 1924 r. do Wilna wrócił kapelan wojskowy bł. Michał Sopoćko, z inicjatywy którego Kościół został zrekonstruowany na potrzeby duszpasterstwa wojskowego i ponownie konsekrowany w 1929 r. Na sklepieniach obecnego Kościoła można zobaczyć orientalne fragmenty odsłoniętej polichromii, powstałej w trakcie prac nadzorowanych przez ks. M. Sopoćkę. Kościół nie odzyskał barokowych zdobień – jego fasada jest przejawem baroku z pierwszej połowy XVII w. W okresie komunizmu w Kościele urządzono kino z magazynem. Obecnie z budynków klasztoru korzysta Ministerstwo Obrony Narodowej Litwy, kino, restauracja, Litewska Biblioteka Techniczna. Po odzyskaniu i uporządkowaniu Kościoła, Ordynariusz Wojska Litewskiego biskup Eugeniusz Bartulis w 2004 r. ogłosił Kościół św. Ignacego głównym Kościołem Ordynacji Wojska. Czczony w Kościele Obraz Jezusa Miłosiernego znajdował się w kaplicy mieszczącej się w obozie Zespołu Odbudowy Prowincji Ghor w Afganistanie w latach 2011-2013.