1934–1938 metais pal. M. Sopočka buvo Šv. Mykolo bažnyčios rektorius ir seserų bernardinių kapelionas. Jis gyveno greta esančiame pastate priešais Bernardinų bažnyčią. Nutapytą Dievo Gailestingumo paveikslą, nors ir nepripažintą Bažnyčios vadovybės, kun. M. Sopočka pirmiausia pakabino seserų bernardinių vienuolyno prie Šv. Mykolo bažnyčios koridoriuje, tačiau regėjimuose Jėzus šv. Faustinos prašė, kad paveikslas būtų gerbiamas viešai. 1937 m. leidus Vilniaus arkivyskupui Romualdui Jalbžychovskiui paveikslas buvo pakabintas pagrindinio altoriaus dešinėje pusėje. Taip pradėjo stiprėti pamaldumas Dievo Gailestingumui. Antrojo pasaulinio karo metu Vilnių okupavus sovietams savo bute pal. M. Sopočka rengė slaptus katalikų inteligentijos grupių ir marijonų religinės brolijos susitikimus. Ši veikla vėliau leido atsirasti kandidačių į kuriamą Gailestingojo Jėzaus vienuolių kongregacijai.

Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia ir buvęs bernardinių vienuolynas – įspūdingas Renesanso laikų ansamblis. Jo statybą ir puošimą rėmė Leonas Sapiega, vienas garsiausių XVI–XVII a. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didikų. Tai pirmoji šventovė Lietuvoje, statyta kaip didikų šeimos mauzoliejus. Vienuolyne įsikūrė griežtą klauzūrą priėmusios seserys bernardinės. Bažnyčia tapo ne tik maldos namais, bet ir Sapiegų giminės mauzoliejumi.

Po bažnyčios grindimis yra išlikusios penkios laidojimo kriptos. Vienose laidotos vienuolės, kitose – pasauliečiai. Sapiegų šeimos kriptoje palaidotas Leonas Sapiega, jo sūnūs Jonas Stanislovas, Kristupas ir kiti šeimos nariai. Bažnyčioje išliko keturi ypač vertingi XVII a. pr. Sapiegų giminės antkapiai, liudijantys užsakovų galią, turtą ir subtilų meninį skonį.

Sovietmečiu, uždarius vienuolyną ir bažnyčią, pastatai kurį laiką buvo nenaudojami, apleisti, XVIII a. bažnyčios altoriai ir sakykla išgriauti. Po 1964 m. gaisro remontuotoje bažnyčioje atidarytas Architektūros muziejus, o vienuolyno patalpos pritaikytos studentų bendrabučio, butų, gamybinių dirbtuvių reikmėms. 1993 m. bažnyčia ir apleistos vienuolyno patalpos grąžintos Vilniaus arkivyskupijai. 2009 m. baigti ansamblio restauravimo darbai, lankytojams duris atvėrė Bažnytinio paveldo muziejus.