Medinė Šv. apaštalų Pilypo ir Jokūbo bažnyčia ir dominikonų vienuolynas Lukiškių priemiestyje buvo pastatyti 1642 m. Vienuolių pareiga buvo nemokamai laidoti vargšus ir teikti jiems bažnytines paslaugas. Iki tol čia būta miesto kapinių, kuriose buvo laidojami beturčiai. Per karus su Maskvos kariuomene medinė bažnyčia sudegė, o XVIII a. buvo atstatyta mūrinė, kuri ne daug pakitusi išliko iki šių laikų. Sovietmečiu bažnyčioje buvo įrengtas vaisių ir daržovių, vėliau Operos ir baleto teatro sandėlis. Buvusiame vienuolyne iki 2004 m. veikė ligoninė.

Lukiškių Dievo Motinos atvaizdas dominikonų bažnyčioje stebuklais garsėjo nuo XVII a. pabaigos. Šią ikoną iš karų su Rusija parvežė LDK artilerijos generolas Motiejus Korvinas Gosievskis. Atsidūrusi pas Lukiškių dominikonus ikona pradėjo garsėti malonėmis. Stebuklai aprašyti 1737 m. išleistoje knygoje „Mistinis fontanas“.

Sovietmečiu manyta, kad stebuklingoji ikona yra pradingusi, tačiau paaiškėjo, kad ji saugoma kitoje upės pusėje esančioje Šv. Rapolo bažnyčioje. Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, ikona sugrąžinta į Šv. Pilypo ir Jokūbo bažnyčią, o pati bažnyčia sugrąžinta dominikonams. Čia įsteigtas Baltarusijos, Estijos, Latvijos ir Lietuvos dominikonų generalinio vikariato centras. 2015 m. pirmą kartą suskambėjo atkurtasis bažnyčios karilionas – unikalus 61 varpo instrumentas. Šis karilionas yra didžiausias Baltijos šalyse.