Kościół zalicza się do Szlaku św. Jana Pawła II i Szlaku Maryjnego.

Św. Jana Pawła II cechowała szczególna pobożność maryjna. Jako swoje motto apostolskie wybrał słowa „Totus Tuus” (Cały Twój), będące wyznaniem miłości i wiary względem Najświętszej Maryi Panny. Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny w Trokach, którego ołtarz zdobi słynący z łask obraz Matki Boskiej Trockiej – patronki Litwy, świadczy o głębokiej pobożności maryjnej Litwinów.

Jest to pierwszy na Litwie wizerunek Maryi, ukoronowany koronami papieskimi dnia 4 września 1718 r., któremu nadano tytuł Orędowniczki Chorych.

Kościół zbudowano z inicjatywy Wielkiego Księcia Litewskiego Witolda w 1409 r. i otrzymał tytuł Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny u Elżbiety. W tradycji chrześcijańskiej wydarzenie to rozumiane jest jako zetknięcie się Starego i Nowego Przymierza. Ściany wnętrza Kościoła z XV w. były udekorowane dziełami malarskimi w stylu bizantyjskim, pierwsze ich fragmenty odsłonięto w 2006 r. Freski przedstawiają sceny ze Starego i Nowego Testamentu. W Kościele tym od dawna ze szczególną żarliwością praktykuje się modlitwę różańcową, dlatego w boczny ołtarz Najświętszej Maryi Panny Różańcowej, usytuowany przy północno-wschodnim filarze, wkomponowano obraz „Matki Boskiej Różańcowej ze św. Dominikiem i św. Katarzyną Sieneńską”, namalowany w XVII w.

Kościoła nigdy nie zamknięto, nie przekazano wyznawcom innej konfesji i nie wykorzystywano niezgodnie z jego przeznaczeniem, dlatego uznawany jest za unikalny zabytek wiary i historii kultury litewskiej, który zachowuje dziedzictwo Kościoła i sztuki, obejmujące sześć stuleci.

Na obrazie Wielkiego Ołtarza widnieje Matka Boska Hodegetria (z grec. Wskazująca Drogę), namalowana w stylu bizantyjskim. Na Jej lewym kolanie siedzi Dzieciątko Jezus w purpurowej tunice, które w lewej ręce trzyma księgę, zaś prawą wyciąga w kierunku trzech róż, trzymanych przez Matkę, a symbolizujących trzy części różańca. Obraz jest mocno kojarzony z postacią księcia Witolda. Zapis z XVII w. umieszczony na odwrocie obrazu głosi, że bizantyjski imperator Manuel II Paleolog podarował tenże obraz Witoldowi z okazji chrztu. Wizerunek Maryi stanowiący pamięć o Witoldzie i jego wielkiej epoce umacniał naród, dlatego przy nim modlili się wysocy dygnitarze państwowi, możnowładcy, tłumy ludzi przybywały z najróżniejszych miejsc.