Bažnyčia patenka į Gailestingumo kelio, Marijos gerbimo vietų, Jėzuitų kelio Vilniuje maršrutus

Pal. M. Sopočka Vilniaus universiteto Teologijos fakultete dirbo 1927–1945 m. Atstatant Šv. Ignoto bažnyčią, Šv. Jonų bažnyčioje aukodavo šv. Mišias kariuomenei, pats kurį laiką gyveno bažnyčios klebonijoje. Sovietų valdžios laikotarpiu zakristijoje rengė katekizmo kursus pasauliečiams, kad jie galėtų slapta mokyti tikėjimo tiesų, populiarino Dievo gailestingumo žinią.

Bažnyčios statyba siejama su Lietuvos krikštu – bažnyčią 1386 m. prie turgaus aikštės pradėjo statyti Lenkijos karalius ir Lietuvos didysis kunigaikštis Jogaila. 1571 m. karalius Žygimantas Augustas parapinę bažnyčią perdavė jėzuitams. Jie šalia bažnyčios įsteigė Vilniaus jėzuitų kolegiją (dabar Vilniaus universitetas). Istorinės aplinkybės lėmė, kad bažnyčios paskirtis ne kartą keitėsi, tačiau ją visada supo akademinė bendruomenė, ji tapo svarbiausio ir seniausio Vidurio ir Rytų Europoje Vilniaus universiteto ansamblio dalimi.

1737 m. gotikinė bažnyčia buvo perstatyta, įgavo vėlyvojo baroko formas ir vieną gražiausių Europoje bažnyčių fasadų (architektas Kristupas Glaubicas). 1826 m. pristatyta pietinė dalis, 1902 m. sukurti vitražai. 1948 m. bažnyčia buvo uždaryta ir paversta sandėliu, vėliau čia įkurtas Mokslo muziejus. Jėzuitai rūpinosi bažnyčia 1570–1800 m., joje tarnauja ir dabar nuo atšventinimo 1991 m. spalio 11 d.

Bažnyčios pilioriai glaudžia dvylika šv. Jonų ir kitų šventųjų, atstovaujančių visuotinei Bažnyčiai, statulų – tai šventųjų ir kankinių Jonų panteonas, lėmęs ir bažnyčios titulą. Seniau buvusių altorių vietos pažymėtos reikšmingų asmenybių paminklais. Centriniame altoriuje dominuoja puošnus tabernakulis, Nukryžiuotasis, Jėzaus krikšto ir šventųjų skulptūros, taip pat šventovės globėjų paveikslai, jėzuitų šventųjų atvaizdai.

Dešinėje navoje prie altoriaus 2016 m. įrengta prieš Antrąjį pasaulinį karą čia dirbusio kunigo Alfonso Lipniūno vardu pavadinta koplyčia yra skirta Vilniaus universiteto bendruomenės sielovadai ir kartu jau modernus prisilietimas prie ištaikingos barokinės bažnyčios erdvės.

Pro altoriaus arką matoma tradicinė Loreto Marijos statulėlė, atvežta iš Italijos 1647 m. Netrukus ji pradėjo garsėti stebuklais ir tapo žinoma Europoje. Egzaminų metu prie jos melsdavosi studentai. Po Antrojo pasaulinio karo statulėlė buvo perduota į Vilniaus dailės muziejų, vėliau restauruota ir perduota Bažnytinio Paveldo muziejuje. Šv. Jonų bažnyčioje gerbiama restauratorių sukurta statulėlės kopija. Tarp šešių bažnyčios koplyčių yra Švč. Mergelės Marijos Paguodos koplyčia (kairinėje navoje pirmoji nuo pagrindinio įėjimo). Jos centre – altorius su XVIII a. Mergelės Marijos su Kūdikiu paveikslu, puoštu apkaustais. Antroji koplyčia skirta šv. Onai, dar vadinama Švč. Mergelės Marijos Nekaltojo Prasidėjimo koplyčia, nes jos portalas (puošnus įėjimas į koplyčią) vaizduoja Dievo Motiną debesyse, apsuptą dviejų angelų sargų. Ketvirtoje koplyčioje, kuri vadinama Dievo Kūno (Oginskių) vardu, yra saugomas Švenčiausiasis Sakramentas ir gerbiamas dar vienas Mergelės Marijos atvaizdas su Kūdikiu rankose.