Šv. arkangelo Rapolo bažnyčia ir jėzuitų namai buvo skirti ordino vienuoliams, besiruošiantiems duoti paskutinius iškilminguosius įžadus. Vienuolyno ir bažnyčios ansamblis pastatytas Šnipiškėse, kelių sankryžoje. Šalia buvo nedidelė kalva, ant kurios apie 1710 m. Vilniuje siautusio maro metu buvo pastatytas stebuklingu laikytas koplytstulpis su kryžių nešančiu Kristumi.

Bažnyčia pašventinta 1730 m. 1773 m. panaikinus jėzuitų ordiną, bažnyčia ir vienuolynas atiduoti pijorų ordinui, kurio tikslas – krikščioniškas jaunimo auklėjimas mokyklose. 1791 m. bažnyčia tapo parapine ir perduota Pilaitės parapijai, vienuolyne įrengtos kareivinės, bažnyčioje – sandėlis. 1860 m. bažnyčia grąžinta katalikams. Vienuolynas rekonstruotas 1974 m., iš dalies atkuriant jo pirmykštę išvaizdą. Šiuo metu vienuolyne įsikūręs Kultūros paveldo departamentas.

Bažnyčia yra barokinė, stačiakampio formos, trinarė bazilika, joje išlikę devyni altoriai. Bažnyčioje saugomi keli žymesni XVII a. jėzuitus primenantys paveikslai: „Šv. Ignacas Lojola“, „Šv. Pranciškus Ksaveras“, pijorų įkūrėjo šv. Juozapo Kalasanto atvaizdas. Centriniame altoriuje vaizduojamas šv. arkangelas Rapolas, iš sunkios kelionės namo parlydėjęs jaunuolį Tobiją.

1904 m. rugpjūčio 14 d. šioje bažnyčioje susituokė Lietuvos Respublikos prezidentas Antanas Smetona ir Sofija Chodakauskaitė-Smetonienė.