Kościół św. Rafała Archanioła i Dom Jezuitów były przeznaczone dla zakonników, przygotowujących się do złożenia ostatnich uroczystych ślubów. Kompleks klasztoru i Kościoła został zbudowany w dzielnicy Śnipiszki, na skrzyżowaniu ulic. Obok znajdowało się niewielkie wzgórze, na którym w około 1710 r., w czasie gdy w Wilnie panowała zaraza, zbudowano kapliczkę z figurą Chrystusa niosącego Krzyż, uważaną za cudowną.

Kościół poświęcono w 1730 r. W 1773 r. po rozwiązaniu Zakonu Jezuitów, Kościół i klasztor zostały oddane w ręce Zakonu Pijarów, którego założeniem było – wychowanie młodzieży chrześcijańskiej w szkołach. W 1791 r. Kościół stał się świątynią parafialną i został przekazany parafii Pilaitė (pol. Zameczek), w klasztorze urządzono koszary, w Kościele – pomieszczenie gospodarcze. W 1860 r. Kościół zwrócono katolikom. Klasztor zrekonstruowano w 1974 r., częściowo przywracając mu pierwotny wygląd. Obecnie w klasztorze znajduje się Departament Dziedzictwa Kulturowego.

Kościół jest barokową, trzynawową świątynią w typie bazyliki, zachowało się w nim dziewięć ołtarzy. W Kościele przechowywanych jest kilka nieco bardziej znanych obrazów, przypominających o Jezuitach z XVII w. : „Św. Ignacy Loyola”, „Św. Franciszek Ksawery”, wizerunek założyciela Zakonu Pijarów św. Józefa Kalasancjusza. W głównym ołtarzu widnieje św. Rafał Archanioł, który przyprowadza do domu młodego Tobiasza z ciężkiej wędrówki.

14 sierpnia 1904 prezydent Litwy Antanas Smetona i Zofia Chodakowska – Smetona zawarli związek małżeński w tym Kościele.