Kościół Świętych Apostołów Piotra i Pawła jest jedną z najsłynniejszych budowli barokowych na Litwie, której architektura zewnętrzna i wewnętrzna ulegała niewielkim zmianom. Jest to jeden z niewielu wileńskich Kościołów, które nieustannie działały jako katolicki dom modlitwy. Od 1625 r. osiedlili się tu Kanonicy Luterańscy. Przypuszcza się, że w miejscu tego Kościoła od końca XVI w. znajdowały się drewniane Kościoły. Po ich spaleniu, 29 czerwca 1668 r., w dzień uroczystości św. Piotra i Pawła, rozpoczęto budowę obecnego murowanego Kościoła prosząc jednocześnie Maryję o umocnienie pokoju na wymęczonej wojnami Litwie. O tej intencji świadczy napis na fasadzie Kościoła „Regina Pacis funda nos In pace” („Królowo Pokoju umacniaj nas w pokoju”). Retoryczna gra słów charakterystyczna dla baroku przypomina też fundatora Kościoła – wojewodę wileńskiego i głównego dowódcę wojska Wielkiego Księstwa Litewskiego Michała Kazimierza Paca. Jego szczątki spoczywają w piwnicy Kościoła pod progiem.

Dekoracji Kościoła podjęli się w 1678 r. wspaniali włoscy rzeźbiarze Giovanni Pietro Perti i Giovanni Maria Galli. To właśnie dekoracja sztukatorska zamieniła ten Kościół w perłę późnego baroku wileńskiego. Ikonografia zdobnicza wyraża podstawowe wartościowe założenia zakonu i mecenatu M. K. Paca: Kaplice św. Augustyna, św. Królowych, św. Rycerzy Męczenników i św. Maryi od Męczenników, uwidaczniają wartości nauki Kościoła, barokowej skruchy, walki i cierpienia za wiarę oraz cnoty (do śmierci M. K. Pac pozostał nieżonaty).

W wielkim ołtarzu – obraz Franciszka Smuglewicza „Pożegnanie św. Piotra i Pawła”. W prawym bocznym ołtarzu czczony jest obraz Pięciu Ran Jezusa, sprowadzony przez Wileńskie Bractwo Rybaków. W Kościele czczona jest również drewniana rzeźba Jezusa Nazarejczyka, wyprodukowana w Rzymie na wzór cudownego wizerunku Pana Jezusa Miłosiernego Ecce Homo, przechowywanego w Madrycie. Z aktu wizytacji z 1804 r. dowiadujemy się, że zapieczętowane relikwie złożone z dwóch części zostały osadzone w głowie Jezusa.

Obraz Najświętszej Maryi Panny Łaskawej (w lewym bocznym ołtarzu) jest kopią obrazu czczonego we włoskim mieście Faenza. Sprowadził go żmudzki biskup Jerzy Tyszkiewicz. Obraz przedstawia Maryję łamiącą strzały gniewu Bożego. Mieszkańcy Wilna modlili się przed nim, prosząc o wstawiennictwo w czasie epidemii. Obok znajduje się już nieco później namalowany obraz ze sceną pomoru w Wilnie i Najświętszą Maryją Panną Łaskawą.