Drewniany Kościół Świętych Apostołów Filipa i Jakuba oraz Klasztor Dominikanów zbudowano na przedmieściu Łukiszek w 1642 r. Obowiązkiem zakonników było za darmo chować ubogich i nieść im kościelną pomoc. Znajdowały się tu wówczas cmentarze miejskie, na których chowano nędzników. Drewniany Kościół spłonął podczas walk z wojskami moskiewskimi , a w XVIII w. odbudowano murowaną świątynię, która nie zmieniła się aż po dziś dzień. W okresie komunizmu w Kościele urządzono skład owoców i warzyw, później – pomieszczenie gospodarcze Teatru Opery i Baletu. Do 2004 r. w dawnym klasztorze działał szpital.

Wizerunek Matki Boskiej Łukiskiej słynął z cudów w Kościele Dominikanów od końca XVII w. Ikonę tą z „walk moskiewskich” przywiózł generał artylerii Wielkiego Księstwa Litewskiego, starosta Łoździei Maciej Korwin Gosiewski. Niedługo dokonywały się tu cuda za pośrednictwem wizerunku Matki Boskiej Łukiskiej, opisane w książce pt. „Mistyczna fontanna” w 1737 r.

W okresie komunizmu uważano, że cudowna ikona zaginęła, okazało się jednak, że jest przechowywana w Kościele św. Rafała, znajdującym się po drugiej stronie rzeki. Po odzyskaniu przez Litwę niepodległości, ikonę zwrócono Kościołowi św. Filipa i Jakuba, a Kościół przywrócono Dominikanom. Założono tu generalne centrum wikariatu Dominikanów z Białorusi, Estonii, Łotwy i Litwy. W 2015 r. po raz pierwszy zabrzmiał odrestaurowany karylion kościelny – unikalny instrument składający się z 61 dzwonów. Jest on największy w krajach bałtyckich.