Kościół św. Anny często nazywany jest arcydziełem gotyku, perłą płomienistego gotyku. Został zbudowany w latach 1495-1500 jako kaplica Bractwa św. Anny przy drewnianym wówczas Kościele Bernardynów. Najważniejszym dokumentem, który o tym świadczy jest – przywilej odpustów udzielony Kościołowi św. Anny w Wilnie przez papieża Aleksandra VI w 1501 r., który zachęcał wiernych do częstego uczęszczania i doglądania świątyni. Przy Kościele działało również Bractwo św. Marcina jednoczące katolików niemieckich i z innych krajów.

W 1747 r., według projektu słynnego architekta Jana Krzysztofa Glaubitza, wstawiono trzy murowane ołtarze barokowe, które zachowały się aż do dziś w niezmienionej postaci. Wykonano jeszcze dwa duże remonty w latach 1902-1909 i w 1969-1971. Legenda głosi, że Napoleon Bonaparte zachwycony urokiem tego pięknego Kościoła, chciał na dłoni przenieść go do Paryża, aczkolwiek jego wojsko urządziło w Kościele skład amunicji, później przetrzymywali więźniów, dlatego wnętrze było mocno zdewastowane.

W ołtarzu głównym widnieje obraz Najświętszej Maryi Panny z Dzieciątkiem oraz św. Anny, od którego bierze się nazwa świątyni (powszechnie mówi się o św. Annie, że „sama jest trzecia” – zaczerpnięto z języka niemieckiego). Przedstawia on trzy pokolenia: św. Annę patronkę Kościoła, jej córkę Najświętszą Maryję Pannę i Dzieciątko Jezus – Syna Maryi Panny i Wnuka św. Anny. O szczególnej czci tego obrazu świadczą ozdobne oprawy, natomiast o rozpowszechnieniu kultu św. Anny dowodzi fakt, że wiele kobiet starszego pokolenia nosiło imię Anna.