Kościół zalicza się do Szlaku Bożego Miłosierdzia, Szlaku Maryjnego, Jezuitów w Wilnie.

Bł. M. Sopoćko pracował na Wydziale Teologii Uniwersytetu Wileńskiego w latach 1927-1945. W trakcie odbudowy Kościoła św. Ignacego, odprawiał Msze święte dla wojska w Kościele św. Janów, sam przez pewien czas mieszkał na plebanii. W okresie sprawowania władzy sowieckiej w zakrystii organizował kursy katechetyczne dla świeckich, aby oni sami mogli potajemnie nauczać zasad wiary, popularyzował nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego.

Budowa Kościoła jest kojarzona ze chrztem Litwy – król Polski i Wielki Książę Litewski Jagiełło rozpoczął budowę Kościoła przy rynku w 1386 r. W 1571 r. król Zygmunt August przekazał Kościół parafialny Jezuitom. Obok Kościoła założyli oni Kolegium Jezuitów w Wilnie (obecnie Uniwersytet Wileński). Okoliczności historyczne zadecydowały o tym, że przeznaczenie Kościoła zmieniało się wielokrotnie, zawsze jednak otaczała go społeczność akademicka, która stała się częścią najważniejszego i najstarszego kompleksu Uniwersytetu Wileńskiego w Środkowej i Wschodniej Europie.

W 1737 r. Kościół gotycki został przebudowany, nabrał form późnego baroku i pozyskał jedną z najładniejszych w Europie fasad kościelnych (architekt Krzysztof Gałubicki). W 1826 r. zaprezentowano jego południową część, natomiast w 1902 r. powstały witraże. W 1948 r. Kościół został zamknięty i przekształcony na magazyn, później założono tu Muzeum Nauki. Jezuici troszczyli się o Kościół w latach 1570-1800, służą w nim również teraz od czasów ponownej konsekracji, która miała miejsce 11 października 1991 r.

Za filary Kościoła uznawanych jest dwanaście posągów św. Janów i innych świętych, reprezentujących Kościół powszechny – jest to panteon świętych i męczenników Janów, który przesądził o tytule Kościoła. Niegdyś miejsca dawnych ołtarzy oznaczone były pomnikami znamienitych osobistości. W głównym ołtarzu wyróżnia się ozdobne tabernakulum, Ukrzyżowany, rzeźby wszystkich świętych i chrztu Jezusa, także obrazy patronów świątyni, wizerunki świętych Jezuitów.

Powstała w 2016 r. w prawej nawie przy ołtarzu kaplica nazwana imieniem, pracującego tu przed II wojną światową, księdza Alfonsa Lipniuna, przeznaczona jest na duszpasterstwo wspólnoty Uniwersytetu Wileńskiego, jednocześnie stanowi pewnego rodzaju nowoczesną styczność z komfortową przestrzenią barokowego Kościoła.

Przez łuk ołtarza widać tradycyjną figurkę Maryi Panny Loretańskiej, sprowadzonej z Włoch w 1647 r. Wkrótce zaczęła słynąć cudami i stała się znana w Europie. Studenci modlili się do niej podczas egzaminów. Po II wojnie światowej figurka została przekazana do Muzeum Sztuki w Wilnie, później odrestaurowana i przekazana Katedrze (można ją zobaczyć w kaplicy Wołłowiczowskiej). W Kościele św. Janów czczona jest kopia figurki stworzona przez restauratorów. Między sześcioma kaplicami Kościoła znajduje się kaplica NMP Pocieszycielki Strapionych (w lewej nawie pierwsza od głównego wejścia). W jego centrum – ołtarz z obrazem Maryi Panny z Dzieciątkiem Jezus, pokryty metalowymi sukienkami. Druga kaplica poświęcona jest św. Annie, nazywana jeszcze kaplicą Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, gdyż jej portal (ozdobne wejście do kaplicy) przedstawia Matkę Bożą w Niebiosach, otoczoną dwoma aniołami stróżami. W czwartej kaplicy, zwanej kaplicą Bożego Ciała (Ogińskich), przechowywany jest Najświętszy Sakrament i czczony jeszcze jeden wizerunek Maryi Panny z Dzieciątkiem na ręku.