Trynitarze pojawili się w Wilnie w 1693 r. W czasach wypraw krzyżowych celem zakonu miało być wykupywanie chrześcijan z niewoli innowierców. Do Wilna przybył zreformowany odłam wspólnoty zakonnej. Podczas wojny z Turkami, odbywającej się na terenie Litwy i Polski, król Jan Sobieski wziął ich pod swoje skrzydła. Z inicjatywy hetmana Wielkiego Księstwa Litewskiego oraz wojewody Kazimierza Jana Sapiehy zbudowano zakonnikom wytworny Kościół i klasztor na przedmieściu Wilna, na terenie rezydencji Sapiehów. Kościół konsekrowano i nadano mu tytuł Najświętszego Odkupiciela Jezusa Nazarejczyka w 1716 r.

Kościół słynął z cudownej rzeźby Jezusa Nazarejczyka, wykonanej w Rzymie na wzór cudownego wizerunku Ecce Homo, przechowywanego w Madrycie (obecnie rzeźba znajduje się w Kościele św. Piotra i Pawła). Takie rzeźby były umieszczane w wielkim ołtarzu we wszystkich Kościołach Trynitarzy. Architektura Kościoła i zachowane fragmenty jego dekoracji przypominają działalność Trynitarzy i świadczą o wysokim poziomie kultury artystycznej fundatorów. Umieszczona na głównej fasadzie Kościoła grupa rzeźbiarska, symbolizuje działalność Trynitarzy: dwóch chrześcijańskich żołnierzy, którzy dostali się do niewoli innowierców oraz uspokajającego ich anioła.

W XIX w. carat zamknął wszystkie klasztory Trynitarzy, a Kościoły zamienił na cerkwie. Zburzono boczne ołtarze Kościoła Trynitarzy na Antokolu oraz pozostałe elementy wnętrza Kościoła, w klasztorze urządzono koszary. W okresie międzywojennym w budynkach klasztoru znajdował się szpital uniwersytecki. W okresie komunizmu w Kościele założono skład wojskowy. Od 1993 r. w kompleksie klasztornym działało Wileńskie Seminarium Duchowne. W 2000 r. osiedliła się tu wspólnota zakonna Braci i Sióstr św. Jana i św. Jana Teologa, wokół której zgromadziła się żywa i aktywna wspólnota świeckich.