W 1931 r. w Płocku Jezus po raz pierwszy wspomniał s. Faustynie o pragnieniu ustanowienia święta Bożego Miłosierdzia: Ja pragnę, aby było święto Miłosierdzia. Chcę, aby ten obraz, który wymalujesz pędzlem, żeby był uroczyście poświęcony w pierwszą niedzielę po Wielkanocy, ta niedziela ma być świętem Miłosierdzia (Dz. 49).

Ks. Michał Sopoćko dowiedział się o tym żądaniu Pana Jezusa od s. Faustyny w trakcie ich spotkania w Wilnie. Ówczesny arcybiskup wileński Romuald Jałbrzykowski z wielką ostrożnością podchodził do objawień prywatnych s. Faustyny, nie zezwolił na wystawienie Obrazu na publiczną cześć i obchody Święta Miłosierdzia Bożego. Dopiero w 1935 r. uzyskano zgodę na wykorzystanie  namalowanego Obrazu Jezusa Miłosiernego, jako ilustracji do kazania ks. Michała Sopoćki o Miłosierdziu Bożym, w Niedzielę Przewodnią. Przyozdobiony zielenią przez s. Faustynę, Obraz został wystawiony w oknie galerii, prowadzącej do Kaplicy Ostrobramskiej. Była to pierwsza cześć, jaką Obraz ten odebrał od tłumów, i pierwsze obchody nieznanej dotąd Niedzieli Miłosierdzia. Podczas tego nabożeństwa św. Faustyna doznała widzenia, w którym obraz szedł ponad Wilnem, przecinał wszystkie sieci, okalające miasto, i zakreślał duży znak krzyża.

W 1946 r., za zgodą arcybiskupa wileńskiego Mieczysława Reinysa, w Kościele św. Janów po raz pierwszy odbyły się obchody Niedzieli Miłosierdzia. W 2000 r. św. Jan Paweł II ogłosił, że odtąd pierwsza niedziela po Wielkanocy nosić będzie nazwę Niedzieli Miłosierdzia Bożego.

Wybór pierwszej niedzieli po Wielkanocy na Święto Miłosierdzia wskazuje na ścisły związek między wielkanocną tajemnicą Odkupienia a Miłosierdziem Bożym. Związek ten podkreśla też odmawiana przez dziewięć dni Koronka do Miłosierdzia Bożego, która rozpoczyna się w Wielki Piątek. Pragnę – rzekł Jezus – aby święto Miłosierdzia było ucieczką i schronieniem dla wszystkich dusz, a szczególnie dla biednych grzeszników (Dz. 699). Dusze giną mimo mojej gorzkiej męki. Daję im ostatnią deskę ratunku, to jest święto Miłosierdzia mojego. Jeżeli nie uwielbią miłosierdzia mojego, zginą na wieki (Dz. 965).

W dniu tym otwarte są wnętrzności miłosierdzia mego, wylewam całe morze łask na dusze, które się zbliżą do źródła miłosierdzia mojego; […] niech się nie lęka zbliżyć do mnie żadna dusza, chociażby grzechy jej były jako szkarłat (Dz. 699).

Chcąc doświadczyć łask Bożego Miłosierdzia, należy spełnić warunki pobożnych praktyk ku czci Bożego Miłosierdzia (ufność w Boga i uczynki miłosierdzia wobec bliskich, wyrażone słowem i modlitwą), pójść do spowiedzi lub być w stanie łaski uświęcającej i przyjąć Komunię Świętą.

Dzisiaj podczas Tygodnia Miłosierdzia Bożego w Wilnie w Sanktuarium Miłosierdzia Bożego modli się rzesza pielgrzymów z całej Litwy i ze świata. Msza święta w Niedzielę Miłosierdzia transmitowana jest w języku angielskim przez EWTN telewizję w 80 krajach świata. W przeddzień Niedzieli Miłosierdzia w Wilnie odbywa się Ekumeniczna Droga Światła od Kaplicy Ostrobramskiej Matki Miłosierdzia do Sanktuarium Miłosierdzia Bożego przypominająca, że, bez względu na wszelkie różnice zaistniałe w historii Chrześcijaństwa, wszystkich nas łączy Miłosierdzie Boże i pragnienie Jego doznania.